白塞氏病的治療可用沙利度胺、羥氯喹、非甾體抗炎藥、糖皮質激素、免疫抑制劑、秋水仙堿、干擾素等等， 歐洲抗風濕聯盟關於白塞氏病的治療提出以下建議：
1、有眼後極受累的炎性眼病的白塞氏病患者應使用包括硫唑嘌呤和全身激素在內的治療方案。
2、如果白塞氏病患者有嚴重眼部疾病， 建議使用環孢素A或類克聯合硫唑嘌呤和激素， 也可使用α-干擾素聯合或不聯合激素治療。
3、尚無肯定證據來指導白塞氏病大血管受累的治療。 對於有急性深靜脈血栓形成的白塞病患者， 推薦使用免疫抑制劑如糖皮質激素、硫唑嘌呤、環磷醯胺或環孢素A。
4、相類似的是， 尚無對照資料或非對照資料提示， 使用抗凝療法、抗血小板或抗纖溶藥治療白塞氏病深靜脈血栓形成或動脈損害後作為抗凝治療會帶來好處。
5、無循證醫學證據提示白塞氏病胃腸道受累有有效的治療方法。 在進行手術前， 應嘗試使用藥物如柳氮磺吡啶、糖皮質激素、硫唑嘌呤、腫瘤壞死因數拮抗劑及反應停。
6、在多數白塞氏病患者， 關節炎能使用秋水仙堿治療。
7、無對照資料指導白塞氏病中樞神經受累治療。 對於腦實質受累， 應嘗試的藥物包括糖皮質激素、α-干擾素、硫唑嘌呤、環磷醯胺、甲氨蝶呤和腫瘤壞死因數拮抗劑。
8、環孢素A不用於合併中樞神經受累的白塞氏病患者， 除非有眼內炎症。
9、白塞病皮膚和黏膜受累的治療方法取決於醫生和患者所認為的嚴重程度。 黏膜皮膚受累的治療應根據同時存在的其他損害情況。 僅有口腔和外生殖潰瘍的一線治療是局部措施。 痤瘡樣損害常僅因影響美容受到關注， 因此， 對於尋常型痤瘡用局部措施即可。 當出現明顯的結節紅斑損害時， 應使用秋水仙堿。 白塞氏病的小腿潰瘍可能有多種原因， 治療應該有計劃性， 對於耐受患者， 可使用硫唑嘌呤、α-干擾素和腫瘤壞死因數α拮抗劑。
