子宮內膜異位症在治療前盡可能明確診斷， 並考慮患者年齡， 對生育要求、病情嚴重程度、症狀及病灶範圍， 加以全面考慮。 一般採取下列治療方法：
手術治療：手術治療為子宮內膜異位症的主要方法， 因為在直視下可以基本上明確病灶範圍和性質， 對解除疼痛， 促進生育功能效果較好， 療程短尤其對重症者， 纖維化多， 粘連緊密， 藥物不易奏效。 較大卵巢內膜樣囊腫， 藥物治療無效， 手術尚有可能保留有效卵巢組織。 手術可分為保守性手術， 半根治性手術和根治性手術3種。
（一）保守性手術：主要用於年輕、有生育要求者。
1、腹腔鏡手術：通過腹腔鏡檢查， 可明確診斷， 可用特種設計的刀、剪、鉗等進行病灶切除， 分離粘連。 在腹腔鏡下可用CO2雷射器或氦-氖雷射器燒灼病灶， 即在恥骨聯合上2cm處做第二切口， 鐳射刀通過這切口的套管進入盆腔， 在腹腔鏡直視下燒灼病灶。 也可經腹腔鏡穿刺吸出囊液， 再用生理鹽水沖洗， 然後注入無水乙醇5～10ml， 固定5～10分鐘後吸出， 最後用生理鹽水沖洗後吸出。 在腹腔鏡下還可行輸卵管通液檢查。
2、B超下行卵巢內膜樣囊腫穿刺術：對手術剝離術後或腹腔鏡下穿刺後復發病例， 可考慮超聲下穿刺術及藥物治療。
3、剖腹保守性手術：用於較嚴重病灶粘連患者， 尤其是無腹腔鏡設備醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者， 皆可實行剖腹手術分離粘連， 挖除卵巢子宮內膜樣囊腫， 盡可能保留正常的卵巢組織， 如病灶僅限於一側且較重， 另一側正常， 有人主張將病側附件切除。 這樣做妊娠率較保留病側卵巢後的妊娠率高。 還可做簡單子宮懸吊術。 是否做骶前神經切除值得商榷。
保守手術的重要目的之一， 為希望妊娠足月分娩， 故術前應對夫婦雙方進行徹底的不孕檢查。 術後復發者仍可再次採用保守手術，
（二）半根治手術：無生育要求， 病灶嚴重， 而年齡較輕者（
（三）根治性手術：年齡接近絕經期， 尤其病情重， 有過復發者， 應實行全子宮及雙側附件切除。 手術時盡可能避免卵巢內膜囊腫破裂。 囊液流出時應儘快吸盡， 沖洗。 術後出現更年期綜合症者， 可用鎮靜劑及尼爾雌醇。 腹壁、會陰切口處發生子宮內膜異位症者， 應徹底切除， 否則會復發。
子宮內膜異位症患者常合併排卵功能障礙， 故不論採用激素治療或保守性手術治療， 皆可用HMG或/及克羅米芬促卵泡成熟排卵。
如為不育而實行保守手術治療者， 可應用激素治療3～6個月以鞏固療效。 但有人認為， 術後1年是妊娠最易發生的時間， 用丹那唑或假孕治療， 反而減少受孕機會而不主張用。
放射治療：雖然放療用於子宮內膜異位症已有多年歷史， 但應用多種藥物及手術達到很高療效， 一般不破壞卵巢功能， 而放射治療子宮內膜異位症的作用， 在於破壞卵巢組織， 從而消除卵巢激素的影響， 使異位的內膜萎縮， 達到治療的目的。 放射線對異位的內膜破壞作用並不明顯， 但對既不能耐受激素治療又因病灶位於腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連， 尤其是合併心、肺或腎等嚴重疾病， 本人又十分懼怕手術的個別患者， 也可採用體外放療， 破壞卵巢功能， 達到治療目的。 即便個別接受放療者， 必須先明確診斷， 特別是不能將惡性卵巢腫瘤誤診為子宮內膜囊腫， 以至錯治而延誤正確治療。
