肛瘺不能自愈， 必須手術治療。 肛瘺的治療原則是將瘺管全部切開， 必要時將瘺管周圍瘢痕組織同時切除， 使傷口自基底向上逐漸癒合。 肛瘺的治療是根據瘺管深淺、曲直， 可選用掛線療法、肛瘺切開或切除術。 少數可行肛瘺切除後一期縫合或游離植皮。 肛瘺給人的印象就是反復的發作， 治療起來有難度。 那麼肛瘺反復發作是為什麼呢？肛瘺手術後， 又重新犯病的原因有以下幾個方面：
①肛瘺手術內口處理不當：絕大多數是因為內口沒有找準確， 或沒有把感染的原發灶即內口徹底清除。
②肛瘺手術肛門腺處理不當：據近年來的研究表明，
③肛瘺手術瘺支管及其瘺空腔清除不徹底：即在手術中沒有刮乾淨壞死組織或清除支管， 即可導致復發。
④內口複雜：即瘺內口二個或二個以上時， 尋找內口不完全， 導致肛瘺復發。
⑤新生成的肛瘺：多為患者因肛門腺感染， 又發生了肛周膿腫， 導致新的肛瘺， 而被誤認為是復發， 在臨床中不難鑒別。
在治療肛瘺的過程中發現肛瘺復發率高的原因就在於人們沒有認真的進行肛瘺的護理， 導致肛瘺的反復發作， 給身體帶來了很大的傷害。
肛瘺術後傷口敷料更換的好壞， 是手術成功與否的一個關鍵問題。
敷料更換注意事項：①坐浴及沖洗：術後每天應行坐浴， 尤其是便後坐浴不能忽視。 要保證傷口清潔， 加速癒合。 對大的傷口應進行傷口沖洗， 先用過氧化氫溶液， 然後用溫生理鹽水或抗生素溶液進行傷口沖洗。 沖洗時應保持一定壓力， 以便使清洗液達到傷口的每一個角落。
②敷料：傷口內敷料可防止傷口表面粘連（皮膚架橋）， 因此創面應底小口大， 能自下而上地癒合。 若取出敷料時， 發現傷口內有膿液， 提示有殘餘膿腔， 應即時擴大引流， 否則傷口不會癒合。
③直腸指診：可發現傷口內有無死腔及膿液存留，
