目前還沒有特效藥物， 也沒有疫苗預防接種。 臨床上可分為針對愛滋病病毒的治療， 和針對條件致病菌的治療。
（1）一般療法對HIV感染者可不予治療， 應列入疾病控制網， 嚴密監視， 以防傳染他人或轉變為愛滋病患者。 對愛滋病的相關綜合征患者及愛滋病患者， 要給予道義上的關心和幫助， 讓患者注意飲食和休息， 創造較好的生存環境；對於長期發熱的患者， 給予物理降溫， 對於煩躁、恐懼的患者適當給予鎮靜劑。
（2）免疫增強療法如白介素-2， γ-干擾素等有一定的療效， 但效果不大。 近年來愛滋病患者有進行骨髓移植者，
（3）治療條件致病菌感染根據不同的病原選擇相應的藥物：如治療卡氏肺囊蟲性肺炎， 可選用複方新諾明（SMZCO）每日20～100mg/kg， 分4次服用；也可用羥乙基磺酸戊雙脒（Pentamidineisethionate）每日4mg/kg， 肌注或靜脈點滴。 此二藥亦可合併應用， 療程為2～3周。
（4）抗HIV的藥物治療疊氮胸苷（AZT）及疊氮去氧胸苷（ZDU）為胸苷核苷的變型， 經臨床試用似能延長愛滋病病人的生命， 實驗研究能抑制逆轉錄酶， 阻斷HIV的複製， 但不能根除病毒， 且價格昂貴， 藥品供應有限， 副作用有待進一步研究。
