膀胱灌注治療對部分間質性膀胱炎患者有效, 往往和膀胱擴張術同時進行, 雖然目前尚無統一的膀胱內灌注藥物指南。 但已有一些藥物被臨床應用治療間質性膀胱炎。
二甲基亞碸:二甲基亞碸膀胱內灌注給藥是FDA批准的第一個用於間質性膀胱炎的藥物, 它可以不破壞膜而滲透到細胞膜內, 增加藥物吸收, 達到局部抗炎、止痛, 促進膠原裂解, 抑菌和舒張血管等作用。 但用後24~48小時內口腔會有大蒜味。
肝素:也是一種葡萄糖胺聚糖, 皮下或者膀胱內給藥。 分子量較大, 由於膀胱內局部用藥, 組織吸收少,
卡介苗:抑制T淋巴細胞的作用, 膀胱內給藥被證實對部分間質性膀胱炎患者有效。
透明質酸:可以促進葡萄糖胺聚糖層的恢復, 它對2/3的間質性膀胱炎患者有效, 對間質性膀胱炎患者的疼痛和尿頻有效, 但減緩程度較輕。