分為內科治療與外科治療兩部分， 以內科治療為主。
一、內科治療：如腦血吸蟲：藥物治療首選吡喹酮。 對伴癲癇發作者同時予以抗癇藥物， 對顱內壓增高應予脫水治療， 有明顯變態反應表現者應給予類固醇激素藥物靜脈滴注或口服。
二、手術治療：血吸蟲蟲卵肉芽腫經藥物治療無效或不能耐受藥物治療的患者；伴有嚴重顱內增高並可能出現腦疝者；與腦瘤鑒別診斷困難需活栓者均為手術治療適應證。 手術治療後仍應根據病情進行必要的藥物治療。
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