內口即感染源的入口， 多在肛竇內及其附近， 後正中線的兩側多見， 但也可在直腸下部或肛管的任何部位。 瘺管有直有彎， 少數有分支。 外口即膿腫潰破處或切開引流的部位， 多位於肛管周圍皮膚外， 由於原發病灶不斷經內口進入管道， 加之管道迂曲行走於內、外括約肌附近， 管壁由纖維組織構成， 管內有肉芽組織， 故經久不愈。
什麼叫肛瘺？便秘一般單純性肛瘺只有一個內口和一個外口， 這類最多見。 若外口暫時封閉， 局部引流不暢， 則又逐漸發生紅腫， 再將形成膿腫， 封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口。
肛瘺不可以自愈， 其原因有哪些？
1、肛門部不能靜養， 膿腔不易粘合：排糞、排尿時， 因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌， 使肛門括約肌經常處於痙攣狀態；
2、為什麼肛瘺不能自愈-內口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流， 但原發感染源如肛竇炎、或肛腺感染依然存在， 腸腔內容物還可從內口繼續進入瘺管；
3、管道多在不同高度穿過肛門括約肌， 括約肌收縮阻礙膿液排出， 以致引流不暢；
4、為什麼肛瘺不能自愈-腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘺管， 刺激管壁， 使管壁結締組織增生變厚，
5、膿腔引流不暢， 或外口縮小， 時閉時潰， 膿液蓄積腔內， 導致膿腫再發並穿破而形成新的支管或瘺道。
