藥物治療已經是患者普遍首選的方法， 對於青春期和病情程度較輕的多囊卵巢綜合征患者， 可以採用規範療程的藥物治療。 治療方法如下：
（1）口服避孕藥。 口服避孕藥， 可長期應用的治療方法， 主要用於保護子宮內膜、調整月經週期， 通過降低卵巢產生的雄激素改善多毛和/或痤瘡。 避孕藥可以降低患者的高雄激素血症。
（2）糖皮質激素， 用於治療腎上腺合成雄激素過多的高雄激素血症， 以地塞米松和強的松的療效較好， 因為它們與受體的親和力較大， 可抑制垂體ACTH分泌， 使依賴ACTH的腎上腺雄激素分泌減少。
（3）來曲唑， 這類藥物以往主要用於乳癌的治療。 它們可以單獨應用， 也可與FSH聯合應用。 主要副作用包括胃腸道反應、疲勞、潮熱、頭和背痛。 目前臨床常用的芳香化酶抑制劑類藥物是來曲唑， 主要用於氯米芬抵抗的患者， 排卵率達80%， 多於月經週期開始後或黃體酮撤退性出血後， 月經第3-7日（共5日）應用。
（4）胰島素增敏劑。 多囊卵巢綜合征的一個主要特徵是胰島素抵抗， 導致代償性高胰島素血症， 以便維持正常糖耐量（葡萄糖攝入後胰島素的正常反應）。 在年輕PCOS婦女中， 高胰島素血症是糖耐量異常和後期心臟疾患的主要危險因素。 另外， 高胰島素血症還可引起卵巢雄激素合成增加，
