腦室炎的診斷主要依靠腦脊液細胞學檢查， 除腰椎穿刺腦脊液內白細胞增加及發現膿球外， 腦室液的炎症改變亦明顯， 甚至可查見絮狀膿性分泌物， 蛋白含量增高， 糖定量降低， 細菌培養可為陽性。
CT掃描可見被炎症波及的腦室室管膜有局限性或彌散性薄層線狀強化， 腦室內粘連出現分隔狀強化灶， 腦積水或腦室變形、擴大。 腦室室管膜炎的MRI表現， 早期可無陽性改變， 嚴重時行T2加權掃描， 可見腦室周圍白質內有帶狀高信號區環繞， 腦室內的膿性灶亦顯高信號。
除此之外， CT和MRI還常發現一些併發於腦室炎的病變，
細菌性腦室炎的治療與腦膜炎相似， 應儘早查清致病菌及藥物敏感試驗， 以便選用能透過血腦屏障的強效抗生素及藥物， 儘快投給。 同時， 應立即將先前置入腦室的引流管或分流管拔除， 因為附著在管壁上的細菌具有更大的耐藥性。
如果腦室系統沒有梗阻， 選用的抗菌藥物有效， 感染常能得以控制， 隨之腦脊液細胞數即減少， 病情亦迅速改善。 設若是腦室系統存在阻塞， 或敏試有效的藥物透過血腦屏障較差時， 則應在全身用藥的同時， 反復行腦室穿刺引流， 並經腦室內給藥。
此時由於梗阻已變為腦室積膿（Pyocephalus）， 則需用置管引流或行雙管沖洗引流， 以4～8萬u慶大黴素溶在500ml生理鹽水中，
位於腦深部接近腦室的膿腫， 因靠室管膜一側的膿壁纖維化進程較慢， 往往菲薄， 故有突然破入腦室引起急性化膿性腦室炎的危險。 遇此情況， 唯有緊急開顱切除膿腫， 用抗菌鹽水徹底沖洗腦室， 並置管行腦室外持續引流， 同時， 全身加強抗菌治療， 始有一線救治希望。
