根據灰指甲的發病機制， 可以將其分為原發性甲真菌病和繼發性甲真菌病。 原發性甲真菌病是真菌侵犯正常甲板， 進一步感染形成灰指甲， 而繼發性灰指甲則是指在原有的甲病基礎之上繼發感染， 引起其他的疾病。
通常皮膚癬菌的甲感染屬於原發性甲真菌病， 但有時候也可見於甲分離症之後， 其它真菌如土麯黴、支頂孢黴、鐮刀黴、頭孢子黴、鏈格孢黴等均為繼發感染的致病菌， 在甲的原發病痊癒時， 甲真菌病亦可痊癒。 但是有一些真菌既可以引起原發感染， 又可以引起繼發感染， 如短帚黴、Brumptii帚黴、柱頂孢黴。
關於白色念珠菌的致病性， 有外國研究者認為， 念珠菌侵犯甲板與某些甲板的分離有關。 體外實驗已經證實這一點， 白色念珠菌可以入侵甲板， 其它念珠菌種尚無可裂解角蛋白的報導。 白色念珠菌甲感染經單純口服抗真菌藥物可以治癒， 提示可能部分甲營養不良的病例是由念珠菌感染引起的。 念珠菌不但可以引起慢性粘膜皮膚念珠菌病或甲溝炎， 而且還是原發性甲床分離症的重要致病菌， 特別在有外周血管疾病或柯興綜合征是更為突出。
