灰指甲的診斷常根據患者的病程、症狀、指(趾)甲的外觀就可以確立, 但明確診斷還需要依靠甲的真菌檢查。 指(趾)甲出現異常並不一定就是灰指甲, 許多皮膚疾病和全身性疾病都可能累及指(趾)甲導致指甲變形、變色、增厚、出現白點、表面隆起或凹陷等改變。 牛皮癬、甲濕疹、連續性肢端皮炎、雷諾綜合征等疾病導致指(趾)甲的改變都與灰指甲類似, 由於這些疾病都不是感染性疾病, 不能查到病原菌, 以此可與灰指甲可以鑒別。
患者自己往往很難分辨指甲改變的原因, 醫生也不能單憑經驗而下診斷,
無論顯微鏡檢查還是培養基培養, 在採取標本時都應刮取盡可能細的患甲細末, 有些醫院由於條件有限不能進行真菌檢查, 可將患甲細末寄到大醫院去檢查, 一般不會影響檢查結果的正確性。