區別一：發病原因
肝囊腫：肝囊腫有先天的 也有後天的。 先天性肝囊腫是由於胚胎時期肝內膽管或淋巴管發育異常造成的；後天性肝囊腫可能是肝臟管道發生退行性改變的結果
肝膿腫：肝膿腫可由溶組織阿米巴原蟲或細菌感染所引起。 阿米巴肝膿腫的發病與阿米巴結腸炎有密切關係， 且膿腫大多數為單發；細菌性肝膿腫的細菌侵入途徑除敗血症外， 可由腹腔內感染直接蔓延所引起， 亦可因臍部感染經臍血管， 門靜脈而入肝臟， 膽道蛔蟲亦可為引起細菌性肝膿腫的誘因。 常見的細菌有金黃色葡萄球菌，
區別二：症狀與體征
肝囊腫：肝囊腫一般沒有症狀， 當囊腫長大到一定程度， 可能會壓迫胃腸道而引起症狀， 如上腹不適飽脹；也有因囊腫繼發細菌感染而有腹痛、發熱。 當囊腫過大時， 可出現消化不良、噁心、嘔吐和右上腹不適或疼痛等症狀。
肝膿腫：全身菌血症或膽道感染引起的多發性膿腫。 通常起病急， 並以引起膿腫的原有疾病的主要臨床特徵為其主要症狀。 如為單發性膿腫， 則其症狀在數周內呈亞急性起病；常見有發熱， 而且有時是唯一的線索， 但多數病人還有厭食， 噁心， 體重下降和無力。 約半數病人有右上腹疼痛或觸痛和肝腫大， 偶見右側胸膜炎性胸痛， 黃疸一般只在膽道阻塞時才出現。
區別三：疾病診斷
肝囊腫：B超對肝囊腫的檢出率可達98％， 一般情況下， 肝囊腫患者並不需要作彩色超聲及磁共振（MRI）檢查。 化驗檢查對肝囊腫的診斷價值不大。 通常， 肝囊腫並不導致肝功能的異常。 但有時為了鑒別診斷， 作某些血液檢查仍然是必要的， 特別是血液甲胎蛋白（AFP）檢查， 以排除原發性肝癌。
肝膿腫：根據病史， 臨床上的寒戰高熱， 肝區疼痛、肝腫大。 X線檢查可見病側膈肌抬高和固定， 常有胸腔積液。 診斷性肝穿刺抽膿， 是確診的重要手段， 應在超聲波探查引導下進行。 陽性的穿刺結果， 為治療提供了依據。
區別四：疾病治療
肝囊腫：單個或多個囊腫， 無臨床症狀者， 應定期B超檢查觀察， 囊腫超過5釐米大小可考慮在超聲引導下穿刺吸出囊液後注入硬化劑處理。
肝膿腫：病情較輕的阿米巴肝膿腫可門診服用甲硝唑或甲硝達唑。 細菌性肝膿腫必須住院治療：全身支持療法；抗生素治療；手術治療等。
區別五：併發症
肝囊腫：囊內出血；囊腫破裂 ；囊蒂扭轉等。
肝膿腫：肝膿腫的併發症包括膈下膿腫形成；膿腔內出血；膿腫破裂入肺， 胸膜腔或腹膜腔。 診斷正確， 治療適當者的病死率為10％～30％， 多發性膿腫患者的病死率高於單發性膿腫患者。
由於細菌性肝膿腫往往發病較重， 應及早診斷治療， 避免併發症的發生。
