急性腎炎早期易與下列疾病相混淆， 應引起注意。
（1）發熱性蛋白尿 可出現在任何發熱性疾病。 在發熱期間尿中可查出蛋白和管型， 但紅細胞很少， 亦無水腫和高血壓。 熱退後， 尿異常迅速恢復。
（2）感染期尿異常 任何原因引起感染時， 如細菌、病毒， 尤其是乙型溶血性鏈球菌感染期間， 約有1／3病人可出現輕度鏡下血尿、少量尿蛋白和管型， 但無水腫和高血壓， 當感染控制後， 尿檢查即恢復正常。
（3）局灶性腎小球腎炎 一般發生在感染期間（急性腎炎則發生在感染後2周左右）；局灶性腎炎以血尿為主， 蛋白尿很輕；感染治癒後，
（4）運動後尿異常 劇烈運動（如長跑、游泳、急行軍……）或過度勞累後， 在數小時內即可出現尿異常—血尿、蛋白尿以至管型尿， 但休息1—2天后（最遲少於7天）即恢復正常。 在發生尿異常的同時無水腫及高血壓（個別人可有暫時高血壓）。
（5）狼瘡性腎炎 系統性紅斑狼瘡引起的腎損害， 有時表現類似急性腎炎， 常伴有皮疹、脫髮、光過敏、關節痛及心、肝、肺、腦和其他器官的病變， 並多有發熱、白細胞降低， 化驗抗SM抗體或DNA抗體及抗核抗體陽性。
（6）妊娠毒血症 多發生於妊娠中晚期， 患者出現水腫、高血壓、蛋白尿和管型尿， 嚴重者可發生高血壓腦病， 尤以妊娠最後二個月時症狀更明顯。
（7）原發性腎病綜合征 急性腎炎伴有腎病綜合征表現者易與腎病相混淆。 後者以大量蛋白尿（≥3．5克／日）及低蛋白血症為特徵， 無血尿， 前者有血尿， 多無低蛋白血症， 鑒別要點為腎病理檢查， 前者為彌漫性毛細血管內增生性腎炎， 後者可呈微小病變或其他慢性腎小球損害的病理改變。
（8）急性腎孟腎炎 急性腎炎若發生尿道、膀胱粘膜及腎臟充血水腫可引起膀胱刺激症狀， 出現類似急性腎盂腎炎。 但腎盂腎炎有發熱、血尿、白細胞均增多， 尿細菌培養陽性、對抗生素治療有效， 且無明顯水腫、高血壓等表現，
急性腎盂腎炎尚易與慢性腎炎急性發作相混淆。
