從臨床與基礎的研究中， 我們發現扁平苔癬的發病因素有很多， 目前一般認為發病可能與神經精神障礙、病毒感染或精神受到創傷， 緊張、焦慮、憂鬱等自身免疫有關， 有報告家族中有同樣患者， 是否與遺傳有關尚無確證， 那麼究竟導致扁平苔癬的原因是什麼?
免疫學因素：目前仍不完全清楚。 根據本病病情波動、反復及在上皮下固有層有炎症浸潤， 主要為來自T淋巴細胞的浸潤帶， 因而考慮與免疫因素有關， 並證明這些細胞不是局部增生的結果， 而是來自血液。 現多認為扁平苔蘚為免疫功能低下可導致對一種未明病毒易感性，
局部刺激因素：不同金屬修復體在口內形成電位差。 另外， 充填物的刺激等， 可引起口腔粘膜苔蘚樣改變。 有報導銀汞充填體引起苔蘚樣病損， 少數患者也可能對銅、鋅、銀等產生變態反應。 這些可能為遲發性超敏反應接觸性變態可能為游離汞進入粘膜後成為抗原而引起局部反應。
遺傳因素： 有人發現本病有家族史傾向， 不少學者進行了家系發病研究， 但系譜分析不符合單基因遺傳規律。 現多從HLA方面進行研究。 在家族性扁平苔蘚患者所攜帶的HLA型基因， 明顯高於非家族性扁平苔蘚的對照組， 說明扁平苔蘚發病可能與遺傳因素有關。
