系統性紅斑狼瘡根據病情的發展可分為輕型、重型、危重難治型等， 其中重型狼瘡SLE病情嚴重、病情活動程度較高， 實驗室檢查明顯異常， 應用藥物治療時應按病情需要選擇。
1.糖皮質激素：病情不嚴重者可選用較大劑量潑尼松， 規律用藥， 如應用一段時間後並未見效， 宜及早加細胞毒類藥物， 應用同時還要注意其副作用。
2.甲基潑尼松龍（MP）：系統性紅斑狼瘡患者衝擊病情嚴重時使用。
3.細胞免疫抑制藥：細胞免疫抑制藥包括環磷醯胺（CTX）、硫唑嘌呤等， 以CTX使用最廣泛， 適用於重症的SLE， 尤其是狼瘡腎炎。 常與潑尼松合用，
如常用潑尼松與CTX治療無效， 或有禁忌證者可考慮潑尼松聯合環孢素， 短期用藥， 用藥應定期查血中濃度， 注意肝、腎毒性， 高血壓及高血鉀等副作用。
危重難治狼瘡併發嚴重感染可選擇IgG靜脈滴注。
除了以上的藥物， 重型系統性紅斑狼瘡還可選擇中醫中藥作輔助治療， 整體調節身體內環境。
