系統性紅斑狼瘡可累及身體多器官多系統， 造成患者腎臟損害、心臟損害、肺損害、腦損害及血液損害等。
1、腎臟損害：紅斑狼瘡患者腎臟損害較早而常見， 是致死的主因， 可見有各種腎炎的表現。 初起的輕度腎小球腎炎常以輕微血尿為主， 部分急性狼瘡性腎小球腎炎則尿中蛋白、白細胞、紅細胞較多， 並伴有水腫、高血壓、氮質血症等。 後期腎功能損害可出現腎病綜合征， 嚴重者可出現腎功能衰竭而致死亡。
2、心臟損害：紅斑狼瘡累及心臟時患者可伴有心包炎、心肌炎、心內膜炎， 偶有心衰， 可有胸悶、胸痛、氣短、心悸等。
3、肺損害：咳嗽、氣急， 一般無痰， 可能發熱， 肺損害嚴重者甚至出現呼吸衰竭。 肺損害病人容易反復繼發感染而加重病情， 合併阻塞性肺氣腫、支氣管肺炎、呼吸衰竭、肺性腦病和肺心病心衰， 也有合併肺空洞、大咯血者。
4、腦損害：頭痛和偏頭痛是腦損害中較早出現的症狀， 狼瘡性腦炎、狼瘡性腦膜炎患者可有頭痛、噁心、嘔吐、癲癇樣抽搐、昏迷、驚厥， 可引起偏癱、截癱等。
5、血液損害：紅斑狼瘡侵犯血液系統時可出現血管炎， 患者雙手雙足可出現大片瘀點， 指端、趾尖凹陷、潰瘍、壞死。 極少數能引起足背動脈閉塞性脈管炎， 伴劇痛， 雙腿可出現網狀青斑和片狀青紫斑等。
