百日咳病因為內蘊伏痰, 外感時疫。 時行癘氣首先犯肺, 肺衛受邪, 時邪與伏痰搏結, 阻遏氣道, 肺失宣達, 上逆為患。 病之初起, 以肺氣失宣的衛表症狀為主, 形似感冒咳嗽。 繼則邪鬱化火, 痰火膠結, 氣道為之阻遏, 肺逆更甚, 故出現痙咳陣作, 待痰涎吐出, 咳嗽方可暫時緩解。 頓咳發作時, 犯胃則胃失和降, 而見嘔吐乳食;咳劇, 邪傷膀胱、大腸, 可致二便失禁;
若引動心、肝之火, 乘肺則衄血、咯血;肝氣橫逆則兩脅作痛;頻咳引動舌下系帶, 出現潰瘍;氣逆傷於血絡, 可見目睛出血。 嬰幼兒體稟不足, 肺氣嬌嫩, 可合併肺炎喘嗽,