中樞性神經系統發育異常伴面癱的疾患：如無腦畸形、累及腦橋的綜合征、進行性延髓腦橋麻痹伴感覺神經性聽力喪失、Mobius綜合征。
先天性染色體異常伴面癱的疾患：如染色體遺傳物質缺乏綜合征、13三體綜合征、18三體綜合征、21三體綜合征。
先天性顱頜面骨畸形伴面癱表現的疾患：如骨砷化病、硬化性狹窄、顯性顱骨幹骺端發育異常、隱性顱部生長發育不足、Digeorge 系列征、Van Buchem病。
伴有先天性表情肌異常的疾患：如半側顏面萎縮、肌緊張性營養不良。
全身營養異常伴面癱疾患：如糖尿病。
其他不明原因的先天性發育畸形伴面癱疾患：如Bogorad 綜合征， Melkerson-Rosenthal綜合征、不對稱性哭面綜合征、遺傳性心臟病、Goldenhar's綜合征、連體畸形、Pierre-Robin 綜合征、Sickle-cell病、先天皮膚發育不全、耳畸形、面癱和皮膚竇道、酞胺呱啶酮誘發畸形。
多發性的腦神經麻痹包括面癱， 還可見於CHARGE綜合征。 在CHARGE 綜合征患者中有75% 至少累及1個腦神經， 58%， 的患者可累及2個或多個腦神經。 最常累及的腦神經為聽神經， 其次為面神經， 再次為舌咽、迷走神經。
