嬰幼兒體質柔弱， 正處在生長發育時期， 因此腹瀉對嬰幼兒的危害很大。
腹瀉除影響嬰幼兒對食物中營養物質的吸收外， 還消耗體內儲存的營養物質， 損害某些機體組織。 這是因為在腹瀉過程中， 本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體， 但機體內各器官還需照常進行各項生理功能。 如長期慢性腹瀉就會造成營養不良， 使患兒身體瘦弱， 抵抗力降低， 容易感染各種疾病。 這不僅影響嬰幼兒的正常生長發育， 還會引起併發症。 常見的併發症有：
營養不良及維生素缺乏症：腹瀉病程較長， 如禁食時間過久或長期熱量不足，
感染：常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。 各種感染可能成為腹瀉的病因， 但也有在腹瀉之後， 由於全身抵抗力降低而繼發感染。 遷延性腹瀉或原有營養不良病兒， 容易併發真菌感染， 如鵝口瘡、真菌性腸炎， 甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎：重型腹瀉可能出現黃疸， 常見於營養不良及重症敗血症病兒， 預後不良， 故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重併發症之一。
其他：如急性腎功能衰竭、彌漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等， 如處理不當還可發生急性心力衰竭、高血鉀、中毒性腸麻痹、腸出血、腸套疊等， 偶可見腸穿孔和腹膜炎。
嬰幼兒腹瀉的預後與病兒的體質、病因、治療時機和治療方法有關。
(1)體質因素：體質衰弱（重症營養不良和佝僂病）的病兒， 由於機體代謝調節功能較差， 抵抗力低下， 容易發生各種併發症， 使腹瀉遷延不愈， 預後較差。 新生兒、早產兒病情易於迅速惡化， 預後也較差。
(2)病因：耐藥性致病性大腸桿菌或其他耐藥細菌感染預後較差， 繼發二重感染者如真菌、金黃色葡萄球菌感染等預後也差。
(3)治療時機：輕型腹瀉若未及時治療， 導致病情嚴重， 遷延日久， 預後較差。
(4)治療不當：未進行調整和適當限制飲食， 減少胃腸道負擔；未及時控制腸道內外感染以及糾正水與電解質紊亂和加強護理， 導致各種併發症發生， 影響預後。 此外， 濫用廣譜抗生素， 引起菌群失調和二重感染， 可加重消化功能紊亂， 如不及時停藥， 遷延不愈者預後差。
