在乙肝病毒感染的自然史中, 伴隨HBeAg的陰轉往往是HBV病毒血症的消失或炎症的靜息。 所以人們通常認為HBe系統的血清學轉變即 HBeAg轉陰繼而出現HBe抗體的轉化為乙型慢性肝炎好轉穩定的標誌。
事實上乙肝病毒在與宿主相互作用的過程中, 形成了持續感染和逃避清除的精確機制。 一部分感染者中如慢性肝炎患者, HBeAg陰轉並不意味著炎症活動的停止。
乙肝病毒基因前C區83位堿基由鳥嘌呤(G)突變為腺嘌呤(A), 造成該區28位元氨基酸突變為終止密碼子而喪失HBeAg的合成與分泌功能, 從而HBe抗體陽轉。 前C區變異株HBV雖呈全世界分佈,
HBeAg陰性而存在乙肝病毒病毒血症的情形定義為HBeAg陰性的HBV感染;在另一部分感染者中如重型肝炎患者, 主要以HBcAg的表達為主, 感染起始即為HBeAg陰性。