系統性紅斑狼瘡的發病原因和發病機制尚未明確， 目前的研究認為與遺產因素、環境因素、體內激素水準的變化等因素相關。
1、遺傳因素
系統性紅斑狼瘡存在遺傳的易感性， 如同卵雙胞胎的發病率約為40%， 而異卵雙胞胎僅為約3%。 患者的子女中， 發病率約為5%， 患者家族中患系統性紅斑狼瘡的可達到13%左右。
2、性激素
系統性紅斑狼瘡女性患者可占90%左右， 本病的男女比例約為1:8～10， 月經初潮前及絕經期後女性發病率較少， 而育齡期、妊娠期發病率明顯增加。 無論是男性患者還是女性患者， 其體內的雌三醇等激素水準明顯升高，
3、環境因素
日光、紫外線、某些化學藥品如（青黴胺、肼苯達嗪、磺胺類等）、某些食品成分（如苜蓿芽）都可能誘發本病。
4、免疫學因素
免疫系統紊亂貫穿了系統性紅斑狼瘡的整個發病過程， 遺傳等內在因素加上外在的環境因素， 導致免疫系統發生異常的免疫應答。
除以上因素外， 感染、石棉或者矽接觸、染髮劑及其他不明抗原的刺激等均可能誘發系統性紅斑狼瘡。
