直腸癌的發病原因到當前為止仍然不十分明瞭， 不過多數認為與食物或遺傳有關。 最近十多年來， 從各方面的研究， 證明酸性食品的攝入是癌症的元兇， 癌症是酸性體質的代表。 在食物方面， 肉類、蛋白質、脂肪的攝取量提高很多， 大腸直腸癌有明顯增加的趨勢， 三十幾歲就得到腸癌的病人也不少。
1.直腸腺瘤癌變
2.直腸慢性炎症：慢性潰瘍性結腸炎、慢性血吸蟲病形成的肉芽腫等與結直腸癌的發生有直接的關係。 其病程愈長， 發生結直腸癌的可能性愈高， 患病20年以上的潰瘍性結腸炎患者結直腸癌的發生率約為20－40%。
3.飲食與致癌物質：流行病學研究顯示結直腸癌的發生與經濟狀況、飲食結構有明顯的聯繫。 經濟發達地區、飲食中動物脂肪和蛋白質所占比例高、纖維素含量低的地域和群體發病率明顯高。 飲食結構與結直腸癌發生之間的關係確切機理尚不完全清楚， 一般認為可能與動物脂肪的代謝產物、細菌分解產物以及由於低纖維素飲食狀態下， 腸蠕動減慢， 腸道的毒素吸收增加等因素有關。
4.遺傳因素：除了家族性息肉病或潰瘍性結腸炎惡變的引起的結直腸癌患者外， 在其他結直腸癌患者中， 約有5－10%的患者有明顯的家族腫瘤史， 統稱為遺傳性非家族息肉病性結直腸癌（Hereditary Nonpolyposis Colorectal Cancer, HNPCC）， 又稱Lynch綜合征。 具體表現為：
(1) 其中至少有一人是在50歲以前診斷為結直腸癌。
(2) 家庭成員中有三人以上患有結直腸癌， 其中兩人以上為同一代。
(3) 至少相近的兩代人均有發病。
