免疫抑制劑不治療紅斑狼瘡的常用藥物， 臨床上常用的治療紅斑狼瘡的免疫抑制劑有以下三種。
1.硫唑嘌呤
硫唑嘌呤是治療紅斑狼瘡的重要的免疫抑制劑之一， 幫助激素減量或用於紅斑狼瘡常見併發症狼瘡腎炎中環磷醯胺的替代治療。 其免疫抑制作用強於甲氨蝶呤， 對紅斑狼瘡活動度的控制更有效。 甲氨蝶呤在紅斑狼瘡的治療上顯示明顯的抗皮疹和關節炎作用， 但不用於患腎炎的患者。 硫唑嘌呤對狼瘡性腎炎的患者， 在臨床達到緩解， 鞏固療效、減少復發時療效顯著。
2.嗎替麥考酚酯
嗎替麥考酚酯由於肝毒性、腎毒性小， 無證據表明有骨髓抑制， 副反應少等特點， 逐漸受到臨床醫生和紅斑狼瘡患者的青睞；又由於嗎替麥考酚酯無性腺毒性， 更適合年輕女性患者使用。 嗎替麥考酚酯在聯合糖皮質激素誘導緩解和維持治療方面都是較理想的藥物， 但其價格較高， 不作為一線治療藥物。
3.來氟米特
作為新型免疫製劑的來氟米特口服吸收迅速不受高脂肪飲食的影響， 半衰期較長， 只需給藥1次每天， 患者依從性好， 用於治療狼瘡性腎炎療效顯著。 國外有關報導和香港學者的研究顯示， 來氟米特能改善系統性紅斑狼瘡疾病活動指數， 且比較安全。
