1.牙痛 三叉神經痛常誤診為牙痛， 往往將健康牙齒拔除， 甚至拔除全部牙齒仍無效， 故應注意。 牙病引起的疼痛為持續性疼痛， 多局限於齒齦部， 局部有牙痛及致病病變， X線及牙科檢查可以確診。
2.副鼻竇炎 如額竇炎、上頜竇炎等， 為局限性持續性痛， 可有發熱、鼻塞、濃涕及局部壓痛等。
3.青光眼 單側青光眼急性發作誤診為三叉神經第1支痛， 青光眼為持續性痛， 不放射， 可有嘔吐， 伴有球結合膜充血、前房變淺及眼壓增高等。
4.顳頜關節炎 疼痛局限於顳頜關節腔， 呈持續性，
5.偏頭痛：疼痛部位超出三叉神經範圍， 發作前多有視覺先兆， 如視力模糊、暗點等， 可伴嘔吐。 疼痛為持續性， 時間長， 往往半日至1～2日。
6.三叉神經炎 病史短， 疼痛呈持續性， 三叉神經分佈區感覺過敏或減退， 可伴有運動障礙， 在受累的三叉神經分支有明顯壓痛。
7.小腦腦橋角腫瘤 疼痛發作可與三叉神經痛相同或不典型， 但多見於30歲以下青年人， 多有三叉神經分佈區感覺減退， 並可逐漸產生小腦腦橋角其他症狀和體征。 以膽脂瘤多見， 腦膜瘤、聽神經鞘瘤次之， 後兩者有其他腦神經受累、共濟失調及顱內壓增高表現較明顯。 X線片、CT顱內掃描及MRI等可協助確診。
8.面部神經痛：多見於青年人， 疼痛超出三叉神經範圍， 可延及耳後、頭頂、枕頸， 甚至肩部等。 疼痛呈持續性， 可達數小時， 與動作無關， 不怕觸摸， 可為雙側性疼痛， 夜間可較重。
