小兒麻痹症和流行性乙型腦炎均為急性傳染病， 兩者症狀有相似之處， 但也有不同之處， 應仔細區分。
1.症狀不同
（1）小兒麻痹症臨床表現主要為發熱、咽痛、肢體痛， 部分患者可發生遲緩性麻痹。 臨床分為5個時期， 前驅期主要症狀為發熱、食欲不振、噁心、嘔吐、咽喉痛、多汗等；癱瘓前期體溫再次升高， 噁心、頭痛、嘔吐嚴重， 皮膚發紅、有短暫膀胱括約肌障礙， 頸後肌群、軀幹和四肢強直灼痛；癱瘓期可出現遲緩性癱瘓、肌張力減退、腱反射消失、呼吸不規則等症狀；恢復期， 癱瘓從肢體遠端開始恢復；後遺症期可出現肌肉萎縮，
（2）流行性乙型腦炎的主要臨床症狀為高熱， 意識障礙， 抽搐和腦膜刺激征。 臨床分為4個時期， 初期體溫可達到39℃~40℃， 伴有頭痛、噁心、嘔吐， 多有嗜睡；極期體溫常高達40℃以上， 出現嗜睡、昏迷、譫妄等意識障礙表現， 同時可有面部、手、足局部抽搐， 嚴重者出現陣攣性抽搐；恢復期體溫逐漸下降， 症狀逐日好轉；後遺症期， 部分重症患者仍有神志障礙、失語、吞咽困難等症狀。
2.致病菌不同
小兒麻痹症的致病菌為脊髓灰質炎病毒，
流行性乙腦的致病菌為乙型腦炎病毒。
