重症肌無力患者的首發症狀多表現為眼外肌麻痹， 無力、下垂， 複視， 可僅在疲勞時出現;亦可出現核間性眼肌麻痹和分離性眼球震顫。 這時難以與眼外肌的肌病及支配眼球運動的神經受累疾病鑒別， 應在患者有症狀時行藥物試驗檢查， 乙醯膽鹼受體抗體和電生理檢查的幫助不大。 所以不要一出現眼肌麻痹就輕易判斷為重症肌無力。 對嚴重的雙側眼外肌麻痹呈眼球固定時需鑒別：
①眼咽型肌營養不良：可伴無波動性的眼瞼下垂， 斜視明顯但無複視， 與其眼外肌麻痹對稱或進展慢、患者已適應有關，
②慢性進行性眼外肌麻痹：屬於線粒體疾病， 伴有雙側無波動性瞼下垂， 亦可伴有近端肢體無力， 肌活檢有助於診斷。
③甲狀腺眼病：常造成無波動性複視和眼球外凸和球結膜水腫， 不伴眼瞼下垂但有眼瞼退縮， 常伴有甲狀腺功能亢進或甲狀腺功能減退， 眼眶CT示眼外肌腫脹。
④眼眶內占位：眼眶CT或超聲有助於發現眶內腫瘤、膿腫或炎性假瘤等。 需注意兩組體征的鑒別價值， 如面部感覺異常則需除外腦幹病變或鼻咽癌， 面部感覺正常而同時存在眼外肌無力和麵肌無力則高度提示重症肌無力。
⑤Miller-Fisher綜合征：急性眼外肌麻痹， 多伴有共濟失調和腱反射喪失。
