肛瘺系指與肛管或直腸腔相通的瘺管而言， 肛瘺是肛門直腸周圍膿腫破潰後的後遺症。 流膿是主要症狀， 膿液多少與瘺管長短， 多少有關， 新生瘺管流膿較多， 分泌物刺激皮膚而瘙癢不適， 當外口阻塞或假性癒合， 瘺管內膿液積存， 局部腫脹疼痛， 甚至發熱， 以後封閉的瘺口破潰， 症狀方始消失。
肛瘺有原發性內口、瘺管、支管和繼發性外口。 內口即感染源的入口， 多在肛竇內及其附近， 後正中線的兩側多見， 但也可在直腸下部或肛管的任何部位。 瘺管有直有彎， 少數有分支。 外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，
一般單純性肛瘺只有一個內口和一個外口， 這類最多見。 若外口暫時封閉， 局部引流不暢， 則又逐漸發生紅腫， 再將形成膿腫， 封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口。 如此反復發作， 便病變範圍擴大或有時造成幾個外口， 與內口相通， 這種肛瘺稱為複雜性肛瘺， 即有一個內口與多個外口。 但有人認為， 複雜性肛瘺不應以外口的多少劃分， 而是指主要管道累及肛管直腸環或環以上者。 雖然這種肛瘺只有一個外口及一個內口， 但治療比較複雜，
