咳嗽的原因很複雜， 常見的至少數十種， 甚至超過上百種， 相關因素可能是因為人體的氣管、支氣管、肺部、鼻、副鼻竇、咽、喉、肋膜、心包膜、橫膈膜、耳膜等呼吸道周邊器官， 若受到刺激就會引起咳嗽。 總之， 引起咳嗽大概有以下幾個主要原因：
元兇1：感染因素
1. 上呼吸道疾患：感冒、腺病毒感染、鼻炎或副鼻竇炎、扁桃體炎、急慢性咽炎、急慢性喉炎、急性會厭炎、喉結核等。
2. 氣管、支氣管疾患：急性及慢性支氣管炎、支氣管內膜結核、支氣管擴張症等。
3. 肺、胸膜疾患：肺炎（細菌性、病毒性、支原體性）、肺真菌病、肺膿腫、肺囊腫合併感染、肺結核、胸膜炎等。
4. 流感、麻疹、傳染病、寄生蟲病：百日咳、白喉、肺吸蟲病、肺包蟲病、鉤蟲病等。
元兇2：物理因素
凡可阻塞、壓迫或牽拉呼吸道等物理因素致使呼吸壁受刺激或管腔被扭曲變窄的病變均可引起咳嗽。
1. 呼吸道阻塞：氣管或支氣管異物、支氣管狹窄、支氣管腫瘤、肺不張、肺氣腫、肺水腫、肺泡蛋白沉積症、肺泡微結石症及肺氣泡癌等。
2. 呼吸道受壓迫：肺門或支氣管淋巴結核、縱隔淋巴結腫大、縱隔腫瘤、結節病、胸骨後甲狀腺腫大、食管憩室、食管腫瘤、肺囊腫、氣胸、肺充血彌漫性間質性肺纖維化、塵肺、胸腔積液、心包積液、胸膜腫瘤及肺腫瘤等。
元兇3：化學因素
呼吸到一切有毒、有害刺激性氣體均會刺激呼吸道引起咳嗽， 例如：香煙、汽車尾氣、油漆， 或有刺激工業氣體如氯、氨、二氧化流、光氣、臭氧、氮氧化物等， 或是鹽酸、硝酸、硫酸、甲醛等揮發出的霧氣等。
元兇4：過敏因素
過敏性鼻炎、支氣管哮喘、枯草熱、熱帶嗜酸粒細胞增多症、棉塵肺、呂弗琉氏綜合征、血管神經性水腫等；或吸入過敏原， 如花粉、灰塵、塵蟎等。
元兇5：其他因素
耳毛太長、心臟衰竭、動脈剝離、胃部的病變， 或膈下膿腫、膈疝、食道氣管痿、肉芽腫、白血病、霍奇金病、尿毒癥和結締組織病等所致肺浸潤等， 或情緒起伏太大、神經官能症等， 或環境溫度冷熱變化過大、氣候太乾燥，