衛氣營血辨證與蘭焦辨證均是認識溫病發展變化規律、辨別證候和概括施治的方法。 這兩個辨證方法雖然名稱不同， 但在溫病臨床上都是為了分析病理變化， 明確病變部位， 掌握病勢進退， 認識病情輕重， 說明疾病演變過程， 歸納和概括證候類型， 為確立治療方法和選方用藥提供依據。 因此， 兩者既有共同之處， 又有不同之點。
共同之處， 如在辨證上， 衛分的風熱襲仲、肺衛不宣證與上焦邪襲肺衛、帥氣失直證， 氣分的肺熱熾盛證與上焦的熱邪壅肺、肺氣鬱閉證， 氣分的胃熱熾盛證， 腸道熱結證， 脾胃濕熱證與中焦的脾胃病變，
不同之點， 如溫病發展到危重階段可深入血分， 出現血熱熾盛、邪熱迫血妄行等靜種出血證候， 這是溫病中比較常見的， 衛氣營血辨證中有較詳細的論述， 而三焦辨征卻恰恰缺少這方面的內容。 再者， 溫病末期邪熱往往灼傷肝腎真陰， 三焦辨證論述詳盡， 而衛氣營血辨證似嫌不足。 在傳變上， 兩者皆有順傳、逆傳之說， 其內容基本相同， 不過衛氣營血辨證在論述傳變規律上是從整體出發， 不是機械的局限於某髒某腑， 顯然行溫病的客觀發展過程， 而三焦辨證恰是把這一垃程割裂開來， 歸結於上、中、下焦的某髒某腑，
總之， 衛氣營血辨證與三焦辨證既有相同之處， 又有不同之點， 各有其長， 亦有其短， 臨床運用時應將兩者恰當地結合在一起， 才能相得益彰， 更好地指導臨床實踐。
