潛伏期
從人體感染瘧原蟲到發病（口腔溫度超過37.8℃）， 稱潛伏期。 潛伏期包括整個紅外期和紅內期的第一個繁殖週期。 一般間日瘧、卵形瘧14天， 惡性瘧12天， 三日瘧30天。 感染原蟲量、株的不一， 人體免疫力的差異， 感染方式的不同均可造成不同的潛伏期。 溫帶地區有所謂長潛伏期蟲株， 可長達8～14個月。 輸血感染潛伏期7～10天。 胎傳瘧疾， 潛伏期就更短。 有一定免疫力的人或服過預防藥的人， 潛伏期可延長。
間日瘧（tertian malaria）多急起， 復發者尤然。 初次感染者常有前驅症狀， 如乏力、倦怠、打呵欠；頭痛， 四肢酸痛；食欲不振， 腹部不適或腹瀉；不規則低熱。
發冷期
驟感畏寒， 先為四肢末端發涼， 迅覺背部、全身發冷。 皮膚起雞皮疙瘩， 口唇， 指甲發紺， 顏面蒼白， 全身肌肉關節酸痛。 進而全身發抖， 牙齒打顫， 有的人蓋幾床被子不能制止， 持續約10分鐘， 乃至一小時許， 寒戰自然停止， 體溫上升。 此期患者常有重病感。
發熱期
冷感消失以後， 面色轉紅， 紫紺消失， 體溫迅速上升， 通常發冷越顯著， 則體溫就愈高， 可達40℃以上。 高熱患者痛苦難忍。 有的輾轉不安， 呻呤不止；有的譫妄， 撮空， 甚至抽搐或不省人事；有的劇烈頭痛．頑固嘔吐。 患者面赤。 氣促；結膜充血；皮灼熱而乾燥；脈洪而速；尿短而色深。 多訴說心悸， 口渴， 欲冷飲。 持續2-6小時，
出汗期
高熱後期， 顏面手心微汗， 隨後遍及全身， 大汗淋漓， 衣服濕透， 約2～3小時體溫降低， 常至35.5℃。 患者感覺舒適， 但十分困倦， 常安然入睡。 一覺醒來， 精神輕快， 食欲恢復， 又可照常工作。 此刻進入間歇期。
整個發作過程約6～12小時， 典型者間歇48小時又重複上述過程。 一般發作5～10次， 因體內產生免疫力而自然終止。
多數病例早期發熱不規律， 可能系血內有幾批先後發育成熟的瘧原蟲所致。 部分病人在幾次發作後， 由於某些批瘧原蟲被自然淘汰而變得同步。
數次發作以後患者常有體弱， 貧血， 肝脾腫大。 發作次數愈多， 脾大， 貧血愈著。 由於免疫力的差異或治療的不徹底， 有的病人可成慢性。
三日瘧（quartan malaria）發作與間日瘧相似，
