流行地區, 好發季節, 有虱寄生或人虱接觸史, 結合患者急起發熱、頭痛、皮疹和中樞神經系統症狀較為明顯與脾腫大, 臨床要考慮本病;間接免疫螢光法和ELISA法檢查特異性IgM抗體有較高的靈敏度和特異性, 有早期診斷價值並可以替代外斐反應。 雙份血清IgG有4倍以上增高可確定診斷;單份血清間接免疫螢光抗體滴度≥1:128強烈提示診斷;這些試驗的特異性為100%。 外斐反應敏感性和特異性不高。 補體結合試驗缺乏足夠的敏感性和靈敏度。 單份血清的IgG陽性僅提示既往感染過並持續存在的免疫狀態。 雄性豚鼠接種和顯微鏡觀察檢查病原體的方法並不常用。
流行性斑疹傷寒需與以下疾病進行鑒別診斷:傷寒、鉤端螺旋體病、虱傳回歸熱、地方性斑疹傷寒及恙蟲熱、流腦、大葉性肺炎、成人麻疹及流行性出血熱等。