1心臟。
咖啡因以兩種方式作用於心臟：除了影響調節心血管系統的大腦中樞， 也直接對心臟產生作用。 高劑量的咖啡因能使不耐受咖啡因的人每分鐘增加10~20次心跳， 並且可能使某些人短暫心律不齊。
因此， 適度飲用含咖啡因(平均每天最多500毫克)的飲品， 不會大幅提高心臟疾病風險， 但超過這個劑量可能會增加患心肌梗死的風險。
2腎臟。
早上喝咖啡後愛上廁所， 是許多人經常遇到的事。 這是因為咖啡因會影響腎臟的腺苷受體， 起到類似利尿劑的作用。 咖啡因也可能減緩大腦釋放一種減少尿液生成的抗利尿激素。
3消化系統。
咖啡中的酸質、油脂及咖啡因都可能刺激胃黏膜， 並促進胃酸分泌， 長期大量飲用含有咖啡因的飲品， 會導致胃病。
4呼吸系統。
咖啡因及類似藥物對於呼吸有兩種影響， 一是增加呼吸速率。 此外， 咖啡因可使氣管周圍的平滑肌放鬆， 因而使氣管擴張， 增加呼吸量。 但咖啡因不可以作為藥物用於臨床來治療哮喘。
5生殖系統。
有研究指出， 婦女懷孕期間喝咖啡， 生下的嬰兒出生體重較低。 也有研究顯示， 服用咖啡因(相當於每天喝多於一杯咖啡)可能顯著降低婦女受孕的機會。
6眼睛。
咖啡因會使眼部微血管收縮(變窄)， 使得進入眼睛細胞的營養物質減少， 也會降低眼睛清除廢物的速率。
1切記咖啡不宜與茶同服。 茶和咖啡中的鞣酸可使鐵的吸收減少75%。 宜用溫開水送服。
2茶葉和咖啡中的單寧酸， 會讓鈣吸收降低。 所以， 喝茶和喝咖啡的時間， 最好是選在兩餐當中。
3含咖啡因的飲料和食品， 被孕婦大量飲用後， 會出現噁心、嘔吐、頭痛、心跳加快等症狀。 咖啡因還會通過胎盤進入胎兒體內， 影響胎兒發育。
4不少醫生認為， 孕婦每天喝1~2杯(每杯6~8盎司)咖啡、茶或碳酸類飲料， 不會對胎兒造成影響。 但為慎重起見， 孕婦最好禁用。 咖啡因可導致流產率上升， 所以應喝不含咖啡因的飲料。
5兒童不宜喝咖啡。 咖啡因可以興奮兒童中樞神經系統， 干擾兒童的記憶， 造成兒童多動症。
6濃茶、咖啡、含碳酸鹽的飲料也是形成消化道潰瘍病的危險因數;所以患有胃部疾患者，
7咖啡的飲品中包含有咖啡因， 因此極易引起耳鳴。
