各種病毒引起的急性病毒性腦炎的臨床表現差異較大， 決定於①神經系統受累的部位；②病毒致病的強度；③患兒的免疫反應等。 因此即使是同一病毒引起的感染， 臨床表現亦可不一。
1.前驅期症狀 ：表現為上呼吸道或消化道的症狀， 如發熱、頭痛、咽痛、嘔吐、腹瀉、食欲減退等。
2.神經精神症狀
⑴意識障礙：輕者對外界反應淡漠、遲鈍或煩躁、嗜睡；重者出現譫妄、昏迷。
⑵顱內壓增高：頭痛、嘔吐、頭暈甚至出現腦疝， 嬰兒的前囟飽滿。
⑶抽搐：可以為局限性、全身性或為持續狀態。
⑷運動功能障礙：根據受損的部位可以表現為中樞性或周圍性的一側或單肢的癱瘓；亦可表現為錐體外系的運動障礙如舞蹈樣動作，
⑸精神障礙：如記憶力減退， 定向障礙， 幻聽、幻視；情緒改變、易怒， 有時出現猜疑， 常因此而誤為精神病或額葉腫瘤。
3.伴隨症狀：病毒感染為全身性疾病， 但各種病毒有其獨特的臨床表現。 如埃可及柯薩奇病毒感染時常出現細小的麻疹樣皮疹或同時有心肌炎、心包炎。 流行性腮腺炎時腮腺腫大（亦可在腮腺腫大之前先有腦炎）。 單純皰疹病毒感染時口唇周圍出現皰疹。 病程一般2周左右， 多數病例可以完全恢復， 僅少數留有癲癇、視力、聽力障礙、肢體癱瘓及不同程度的智慧遲緩後遺症。
4.併發症
⑴本病夏秋季高發， 但熱帶和亞熱帶地區可中年發病。 兒童多見， 成人也可罹患。 多為急性起病， 出現病毒感染全身中毒症狀如發熱、畏光、肌痛、食欲減退、腹瀉和全身乏力等；以及腦膜刺激征如頭痛、嘔吐、輕度頸強和Kernig征等。 患兒病程常超過1周， 成年鋪持續2周或更長。
⑵臨床表現可因患者年齡、免疫狀態和病毒種類及亞型的不同而異， 如幼兒可出現發熱、嘔吐、皮疹等， 頸強較輕甚至缺如；手-足-口綜合征常見於腸道疾病71型腦膜炎， 非特異性皮疹常見於埃可病毒9型腦膜炎。
⑶CSF壓力可能增高， 細胞數增多達10～1000×106/L， 早期以多形核細胞為主， 8～48小時候淋巴細胞為主；蛋白可輕度增高， 糖水平正常。 急性腸道病毒感染可通過咽拭子、糞便等分離病毒，
