治療原則和方法基本同三叉神經痛。 腫瘤引起者應切除腫瘤。 對初發和發作較輕微者， 一般應先用藥物治療， 藥物用法同三叉神經痛。 對藥物治療無效或發作頻繁、劇烈者， 可採用以下手術治療。
有顱外和顱內手術兩種入路。 前者手術方法簡單， 但療效不持久， 後者可獲得較持久的止痛效果， 但需開顱， ①顱外手術入路：Adsan倡用切斷走行於頸內、頸外動脈之間及舌下神經前方的舌咽神經。 ②顱內手術入路：同三叉神經痛。 但只切斷近頸靜脈孔處的舌咽神經和迷走神經的最高1～2根分支。
(二)顯微血管減壓術
手術入路同舌咽神經顱內切斷術。 注意觀察和尋找舌咽神經出腦幹處有否受異常走行的血管壓迫。 採用與三叉神經根顯微血管減壓法相似的方法， 將異常血管移位， 舌咽和迷走神經入腦幹段的隔離和保護。
(三)舌咽神經射頻電凝
由於該方法不可避免地影響舌咽神經的運動根， 限制了它的應用， 僅適用於顱底部癌腫， 病側聲帶功能已喪失者。
穿刺方法和三叉神經半月節穿刺相仿：口角外2.5cm處為穿刺點， 外耳孔前3cm作一標誌， 內側看准瞳孔中點， 側面看對準耳前標誌， 此為穿刺頸靜脈孔的標準方法。 從顱底面看， 頸靜脈孔和卵圓孔在一條直線上。 穿到顱底後常規攝片， 確認針尖的位置， 刺入頸靜脈孔抽得腦脊液， 用100～300mv脈衝方波電流， 波寬1ms， 10～75Hz刺激， 如能誘發病人耳部及喉部疼痛， 加大電流時可引起咳嗽和胸鎖乳突肌收縮， 則提示針尖位置正確， 此時可逐漸升高溫度， 直至70℃， 持續2分鐘後逐漸降溫， 達到破壞感覺根的作用。
