在胚胎形成過程中胃腸道上皮和皮膚是同一個來源， 因此， 胃腸道是硬皮病最常見的內臟受累部位， 無論是彌漫型或局限型病人都會有不同程度的胃腸道症狀。 由於皮膚和皮下組織纖維化使得病人張口困難、口腔粘膜乾燥和易患牙周炎、牙齦萎縮， 導致病人吃東西困難， 牙齒脫落， 營養不良， 約60%的病人有食道下段纖維化和肌肉萎縮， 食道下端括約肌無力， 張力下降， 上方的食道壁擴張失去運動， 病人吞咽時常感到哽噎不暢， 好像食物被什麼東西擋住停在胸骨後或上腹部心窩處不往下走，
嚴重的病人因食道狹窄可出現吞咽困難。 胃很少累及， 但十二指腸和空腸卻易受累， 腸道蠕動減少， 可以沒有症狀， 或有輕度腸管擴張， 痙攣性腹痛， 表現為肚子一陣一陣絞痛， 壓上去覺得舒服些。 也可出現假性腸梗阻導致嚴重腸管擴張、腹痛和嘔吐。 病變腸管擴張不能蠕動， 腸液積蓄淤滯， 細菌大量繁殖， 可以引起吸收不良， 病人出現腹瀉、營養不良、體重下降。
結腸、直腸受累時病人常常表現為便秘。 局限型病人在得病後很長一段時間內不會出現其它重要臟器如心、腎等受累， 或症狀很輕， 發展較慢。 彌漫型病人出現皮膚、胃腸道症狀後1～3年中常常容易出現內臟受累的表現。
