治療根據引起少精子症的不同原因， 選擇不同的治療方法：
（1）對內分泌功能異常引起的少精子症的治療：部分患者服克羅米芬可提高精子數， 每日25mg， 每月服25日， 停5日， 6～12個月為一療程。 有報導長期服用可降低形態正常精子的百分率， 故目前推薦用低劑量療法， 即隔日25mg。 也有採用人絨毛膜促性腺激素（HCG）1000u， 每週肌肉注射 2次， 8～10周為一療程;同時可每日內服維生素E 100～200mg， 連服3～4個月。 也有試用丙酸睾丸酮50mg， 每週肌肉注射3次， 共3個月， 用藥時精子數減少或消失， 停藥後出現反跳現象， 但據報導療效不佳。 近來報導用酮替芬（甲呱噻庚酮）1mg，
（2）精索靜脈曲張是引起少精子症最常見的原因， 有報告高達39%， 可作精索靜脈結紮術， 術後 1年精子密度升高者約50%～80%以上， 使妻子妊娠者約30%～50%。
（3）急慢性睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎等生殖道炎症也是引起少精子症的常見原因。 治療可用羧苄青黴素每日4克， 分4次服， 連續使用1個月。 複方新諾明可穿入前列腺液， 療效也較好， 每日2次， 每次2片， 連服3個月。
（4）補充微量元素：補鋅對少精和死精症有一定療效， 服藥後精子數量明顯增加。 由於鋅和銅的拮抗作用， 補鋅同時治療高銅。 治療方法是每次口服葡萄糖酸鋅50～100mg，
（5）補充精氨酸：精氨酸是生成精子的必要成分， 少精子症患者的精液中， 氨基酸含量明顯低於正常男性。 補充精氨酸， 每日口服4克， 連續10周， 可以使精子計數提高。
（6）中藥可試用五子地黃湯：枸杞子9g， 菟絲子、覆盆子、車前子（包）各12g， 五味子4 5g， 澤瀉、當歸、茯苓各12g， 甘草4 5g， 淮山藥、丹皮、白芍、生地、黨參各12g。 水煎服， 每日一劑， 100劑為一療程。 經治療， 精液異常者可恢復生育率56 2%。
