中草藥在貯存保管中， 因受周圍壞境和自然條件等因素的影響， 常會發生黴爛、蟲蛀、變色、泛油等現象， 導致藥材變質， 影響或失去療效。 因此必須貯存和保管好中藥材， 以保證藥材的品質和療效。
（一）藥材的防黴：大氣中存在著大量的黴菌孢子， 如散落在藥材表面上， 在適當的溫度（25℃左右）濕度（空氣中相對濕度在85％以上或藥材含水率超過15％）以及適宜的環境（如陰暗不通鳳的場所）、足夠的營養條件下， 即萌發成菌絲， 分泌酵素， 分解和溶蝕藥材使藥材腐壞， 以及產生穢臭惡味。
因此， 防黴的重要措施是保證藥材的乾燥、人庫後防濕、防熱、通風，
（二）藥材的防蟲： 蟲蛀對藥材的影響甚大， 蟲害的預防和消滅， 對於大量貯存保管的藥材倉庫， 主要是用氯化苦、磷化鋁等化學藥劑薰蒸法殺蟲。 對於藥房中小量保存的藥材， 除藥劑殺蟲外， 可採用下列方法防蟲。
1．密封法：—般按件密封， 可採用適當容器， 用蠟或血料封固， 怕熱的藥材可用幹砂或稻糠埋藏密封， 貴細藥材， 可充二氧化碳或氮氣密封。
2．冷藏法：溫度在5℃左右即不易生蟲， 因此可採用冷窖、冷庫等乾燥冷藏。
3．對抗法：這是二種傳統方法、適用於數量不多的藥材。 如澤瀉與丹皮同貯、澤瀉不生蟲、丹皮不變色，
（三）藥材的其它變質情況
1．變色：酶引起的變色， 如藥材中所合成分的結構中有酚羥基， 則在酶作用下， 經過氧化、聚台， 形成了大分子的有色化合物， 使藥材變色；如含黃酮類， 羥基蒽醌類， 鞣質類等藥材， 因此容易變色。 非酶引起的變色原因比較複雜， 或因藥材中所含糖及糖酸分解產生糠醛及其類似化合物， 與一些含氮化合物縮合成棕色色素；或因藥材中含有的蛋白質中的氨基酸與還元糖作用， 生成大分子的棕色物質， 使藥材變色。 此外， 某些外因如溫度、濕度、日光、氧氣、殺蟲劑等多與變色的快慢有關。 因此， 防止藥材的變色， 常需乾燥避光冷藏。
2．泛油：泛油指含油藥材的油質泛於藥材表面以及某些藥材受潮、變色後表面泛出油樣物質。
此外， 如中草藥由於化學成分自然分解， 揮發、昇華而不能久貯的， 應注意貯存期很。 其它如松香久貯， 在石油醚中溶解度降低， 明礬、芒硝久貯易風化失水， 洋地黃、麥角久貯有效成份易分解等。
