在鑒別診斷上, 主要應與下列幾種病變相鑒別。
一、慢性復發性胰腺炎和急性復發性胰腺炎 後者在發作期血清澱粉酶顯著增高, 胰腺分泌功能試驗多正常, 腹部平片一般陰性, 在緩解期後, 不遺留組織學或胰腺功能上的改變, 預後良好;前者最終可發展為胰腺功能不全, 預後較差。
二、乏特壺腹和其周圍病變 慢性胰腺炎壓迫膽總管出現梗阻性黃疸時, 常與胰頭癌、壺腹部腫瘤、總膽管結石等相混淆。 逆行胰膽管造影、B超檢查有助於鑒別, 但有時需剖腹探查才能明確診斷。
三、消化性潰瘍 慢性胰腺炎反復上腹痛與潰瘍病的鑒別有賴於病史,
此外, 胰原性腹瀉尚需和小腸性吸收不良綜合征相鑒別, D木糖試驗在前者正常, 後者則示吸收障礙。 借助胰外分泌功能試驗, 亦有助於鑒別。