紅斑狼瘡的病理形態因病情、病變部位而異， 變化較大。 常見的有如下幾種：
(1) 血管病變 表現為小血管(小動脈或微動脈)的壞死性血管炎。 免疫螢光檢查在血管壁有 DNA 、 C 3 及免 疫球蛋白沉積。
(2) 皮膚病理改變 皮膚病理改變為表皮萎縮， 基底細胞或真皮基層液化變性或壞死， 伴真皮和表皮連接部水腫。 免疫 螢光檢查在表皮與真皮交界處有免疫球蛋白、 (IgG) 、 (IgM) 、 (IgA) 及補體 C 3 、 C 4 、 C 1 q 等沉積。
(3) 腎臟病變 系統性紅斑狼瘡有腎及尿檢異常的病人， 進行活組織用電鏡及免疫螢光檢查時 100% 有腎臟病 變， 侵害腎小球、腎小管、間質及血管。 其特徵性改變為蘇木精小體及腎小球基膜呈線圈樣改變 。
(4) 心臟的改變 系統性紅斑狼瘡有一半的病人累及心臟， 包括心包炎、心肌炎、心瓣膜及心內膜病變。 主要表現為 非細菌性疣贅性心內膜炎或 Libran - Sacks 心內膜炎。
(5) 其他 在滑膜、漿膜均有纖維蛋白樣物質沉積， 有細胞增生及小血管類纖維素壞死。 神經系統病變有彌漫 性神經細胞減少、小血管炎、微小梗塞、壞死及出血。 肺的病理改變以間質性肺炎、彌漫性肺纖維 化多見， 肺毛細血管亦有線圈樣病變。
