乙肝病毒有外殼和核心兩個部分， 也就是說除了絕大多數病毒都具有的美麗“衣殼”外， 乙肝病毒還要再加上一件精密的“外套”。 外殼就是這件所謂的“外套”， 它厚7-8納米， 由脂質雙層和蛋白質組成的囊膜。 脂質雙層內含有S抗原、前S1和前S2抗原， 它們一起又構成了外殼上大、中、小三種蛋白形式， 統稱為乙肝表面抗原（HbsAg）， 也就是人們俗稱的澳抗。 關於澳抗的由來還有一段故事， 它最早是從澳大利亞土著人血清中分離出來的， 當時以為是當地民族特有的一個遺傳標誌， 所以稱之為“澳大利亞抗原”。 到後來才知道就是乙肝病毒表面抗原。
剝去Dano顆粒的外殼， 暴露出乙肝病毒的核心顆粒。 核心顆粒直徑28納米， 呈二十面體立體對稱， 它的表面才是病毒真正的衣殼， 由乙肝病毒的核心抗原 （HBcAg）組成。 游離態的核衣殼只能在肝細胞的細胞核內觀察到。 通過強去垢劑或者酶處理的方法， 還可以暴露出HBV的另一個主要的抗原e抗原， 它的本質還不是十分清楚， 但多數人認為是核心的斷片。
Dano顆粒的中心部位就是環狀並且有缺口的DNA雙鏈， 和依附在上面的DNA聚合酶。 乙肝病毒的基因組最引人注目的一個特徵就是它非常小， 其DNA 分子大約含有約3200個核苷酸，
