基礎治療： ①發作期及退熱後24小時應臥床休息；②要注意水份的補給， 對食欲不佳者給予流質或半流質飲食， 至恢復期給高蛋白飲食；吐瀉不能進食者， 則適當補液；有貧血者可輔以鐵劑；③寒戰時注意保暖；大汗應及時用幹毛巾或溫濕毛巾擦乾， 並隨時更換汗濕的衣被， 以免受涼；高熱時採用物理降溫， 過高熱患者因高熱難忍可藥物降溫；兇險發熱者應嚴密觀察病情， 及時發現生命體征的變化， 詳細記錄出入量， 做好基礎護理；④按蟲媒傳染病做好隔離。 患者所用的注射器要洗淨消毒。
病原治療：其目的是既要殺滅紅內期的瘧原蟲以控制發作，
控制發作：磷酸氯喹（Chloropuine phosphate）簡稱氯喹， 每片0.25g(基質0.15g)。 第一天4片， 6小時後再服2片， 第2、3天每天2片， 共計10片。 治療間日瘧及三日瘧第1天4片已足；治療半免疫者單劑4片即可。 該藥吸收快且安全， 服後1～2小時血濃度即達高峰；半衰期120小時；療程短；毒性較小， 是目前控制發作的首選藥。 部分患者服後有頭暈、噁心。 過量可引起心臟房室傳導阻滯、心率紊亂、血壓下降。 禁忌不稀釋靜注及兒童肌肉注射。 尿的酸化可促進其排泄。 嚴重中毒呈阿斯綜合征者， 採用大劑量阿托品搶救或用起搏器。 值得注意的是惡性瘧疾的瘧原蟲有的對該藥已產生抗性。
羥基呱基(Hydroxypiperaquine)及磷酸羥基呱喹(Hydroxypiperaquine phosphate)與呱喹類同， 但吸收較快， 半衰期2-3天。 三天療法惡性瘧各服基質0.6、0.6、0.3g；良性瘧疾各服0.6、0.3、0.3g。 較呱喹類更適用。
硫酸奎寧(Quinine sulfate) ：本品系金雞鈉樹皮中的一種生物鹼。 抗瘧作用與氯喹大致相同， 除較迅速殺滅紅內期原蟲外， 還有退熱作用。 但該藥半衰期短（10小時）， 味苦；對中樞有抑制作用， 表現為頭昏， 耳嗚和精神不振；對心臟有全面抑制作用，
硝喹(Nitro quinum， CI679)： 本品對各種瘧疾及抗氯喹蟲株均有效。 每片基質12.5mg， 常與氨苯碸複方， 各含12.5mg。 口服每天4片， 連服3天；3歲以下服1/4片。 72小時方能控制症狀， 故作用較慢。
青蒿素：該藥作用於原蟲膜系結構， 損害核膜、線粒體外膜等而起抗瘧作用。 其吸收特快， 很適用於兇險瘧疾的搶救。 總劑量2.5g， 首次1.0g， 6小時後0.5g， 第2、3日各0.5g。 因排泄迅速， 故易復發。 蒿甲醚， 肌注首劑0.2g， 第2～4日各0.1g。
其它新藥：磷酸咯啶(Pyracrine phosphate)每片0.1g，
針刺療法： 於發作前兩小時治療可控制發作， 系調動了體內免疫反應力。 穴位有大椎、陶道、間使、後溪， 前兩穴要使針感向肩及尾骨方向放散， 間歇提插撚轉半小時。 瘧門穴， 承山穴單獨針刺有同樣效果。
中醫藥： 祖國醫學認為病因是外感暑溫瘧邪。 分為正瘧、瘴瘧、久瘧。 正瘧相當於慢性復發瘧疾。 正瘧主張和解少陽， 祛邪上瘧， 應用小柴胡東加減（柴胡、黃苓、黨參、陳皮、半夏、甘草）。 瘴瘧認為需清熱、保津、截瘧， 主張給生石膏、知母、玄參、麥冬、柴胡、常山， 隨症加減。 久瘧者需滋陰清熱， 扶養正氣以化痰破淤、軟堅散結， 常用青蒿別甲煎；何人飲；別甲煎丸等。
惡性瘧原蟲的抗藥性 ：
凡氯喹2.5g（基質1.5g）總量分3日服， 未能消除無性生殖原蟲， 或1月內再燃者， 稱為抗性。 對有抗性者應選用甲氯喹、青蒿素或聯合用藥。
