各種致病菌都可引起敗血症。 常見者有金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、肺炎鏈球菌、大腸桿菌、腦膜炎雙球菌、綠膿桿菌、變形桿菌、沙門菌屬、克雷白菌屬等。 當機體抵抗力降低時， 致病力較弱的細菌或條件致病菌， 如表皮葡萄球菌等也可引起敗血症。 近年來致病菌種已發生變化， 由革蘭陽性球菌引起的敗血症有所下降， 而革蘭陰性桿菌、厭氧菌和真菌所致者逐年上升， 這與血管插管、體內異物置人等醫學新技術的開展和抗生素的過度應用有一定關係。
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