閉經病變部位在卵巢， 即任何原因使卵巢不分泌性激素或分泌性激素水準極度低落， 致使子宮內膜不能生長， 更無週期性變化及剝脫而導致的閉經。 包括先天性卵巢發育不全、卵巢早衰， 卵巢不敏感綜合征、卵巢組織破壞、卵巢男性化腫瘤、多囊卵巢綜合征、卵泡膜細胞增生症。
4.卵巢組織破壞：由於發病年齡不同， 可表現為原發性閉經或繼發性閉經。 凡因手術切除雙側卵巢、放射治療、嚴重感染或腫瘤使卵巢組織遭受嚴重損壞者， 均可導致閉經。 實驗室檢查雌激素水準極度低落。 促性腺激素排出量增高。
5.卵巢男性化腫瘤：卵巢男性化腫瘤， 如睾丸母細胞瘤、含腎上腺皮質瘤、卵巢門細胞瘤等均能產生超量的雄激素(血中宰酮含量大3.0mol/l)， 抑制下丘腦–垂體–卵巢軸的功而導致閉經， 男性化徵候明顯。 該組病人卵巢增大， 多為單側、實質性腫瘤， B超和CT可哥確診腫瘤性質及部位。
6.多囊卵巢綜合征(PCOS)：又稱Stein–Leventhal綜合征， 是以無排卵、閉經或月經稀發， 月經過少、不孕、多毛、肥胖及卵巢多囊性增大等之綜合症候群。
7.卵泡細胞增生症(hyPerthecosis)：為一種非腫瘤性疾病， 其病理特點是在遠離卵泡的間質記憶體巢(島)性黃素化卵泡膜細胞增生病灶， 並產生過多的雄激素(睾酮、二氫睾酮， 雄烯二酮、雌酮均明顯升高)引起繼發閉經、不孕， 去女性化和明顯男性化症候，
