1、排膿：排膿是肛瘺（常見的直腸肛管疾病之一， 主要侵犯肛管， 很少涉及直腸， 發病率僅次於痔瘡。 ）的主要症狀。 一般來說， 新生成的瘺管排膿較多， 膿汁粘稠， 黃色、味臭；瘺管日久的排膿相對較少， 或時有時無， 稀淡如水；若膿量增加， 則表示新瘺管生成。
2、瘙癢：肛門部皮膚由於膿液及其他排出物刺激， 膿液不斷刺激肛周皮膚， 常感覺皮膚瘙癢。 肛周潮濕不適， 皮膚變色、表皮脫落， 纖維組織增生和增厚， 有時形成濕疹。
3、便秘：硬結或瘢痕由於瘺管壁及瘺口的反復刺激， 使纖維組織增生， 在管壁和瘺口形成質韌的結締組織，
4、腹部包塊：可能為結腸腫瘤、腹腔內腫瘤壓迫結腸、腸結核、克羅恩病（Crohn病）或腫大的淋巴結等。 左下腹捫及活動度較大的索條狀或臘腸狀腸管時， 應疑及是乙狀結腸痙攣。
5、腫脹：疼痛瘺管通暢無炎症時， 一般無疼痛， 只有肛門局部略有腫脹感， 行走時可加重， 若外口封閉， 瘺管存積膿液， 或糞便進入瘺管， 則會疼痛加重或排糞時疼痛加重， 而內盲瘺則常感直腸下部和肛門部灼熱不適， 排糞時疼痛加重。
6、便秘與腹瀉交替並有臍周或中、下腹部隱痛：多提示為腸結核或腹腔內結核、克羅恩病、慢性潰瘍性結腸炎或腸易激綜合征等病變。
7、下腹部或直腸、肛門內脹痛不適：用力解出堅硬而粗大的糞團後脹痛減輕，
8、全身症狀：多數無全身症狀， 當肛瘺侵犯範圍較大較深或支管較多時， 反復炎症感染， 會導致消瘦、貧血、便秘、排便困難等全身症狀。
9、劇烈腹痛、腹脹及嘔吐：常提示為急性便秘， 應考慮有腸梗阻的可能。 腸梗阻時， 腹部聽診多可聞及腸鳴音亢進或聞及呈高調的金屬音， 至晚期可發生腸麻痹。
一旦肛門及周圍疼痛症狀， 預示病情已發展到一定階段， 肛門直腸疾病的延遲時間越久， 就越容易讓小問題變成大問題。 面對肛腸病， 及時治療才是最明智的選擇，
