急性菌痢應與下述疾患鑒別。
（一）流行性乙型腦炎：本病表現和流行季節與菌痢（重型或中毒型）相似， 後者發病更急， 進展迅猛、且易併發休克， 可以溫鹽水灌腸並做鏡檢及細菌培養。 此外， 本病尚應與沙門氏菌感染、副溶血弧菌食物中毒、大腸桿菌腹瀉、空腸彎麴菌腸炎、病毒性腸炎等相鑒別。 慢性菌痢應與慢性血吸蟲病、直腸癌、非特異性潰瘍性結腸炎等鑒別。
（二）阿米巴痢疾：起病一般緩慢， 少有毒血症症狀， 裡急後重感較輕， 大便次數亦較少， 腹痛多在右側， 典型者糞便呈果醬樣， 有腐臭。 鏡檢僅見少許白細胞、紅細胞凝集成團，
流行季節有腹痛、腹瀉及膿血樣便者即應考慮菌痢的可能。 急性期病人多有發熱， 且多出現於消化道症狀之前。 慢性期病人的過去發作史甚為重要， 大便塗片鏡檢和細菌培養有助於診斷的確立。 乙狀結腸鏡檢查及X線鋇劑檢查， 對鑒別慢性菌痢和其他腸道疾患有一定價值。 在菌痢流行季節， 凡突然發熱、驚厥而無其他症狀的患兒， 必須考慮到中毒型菌痢的可能， 應遲早用肛試取標本或以鹽水灌腸取材作塗片鏡檢和細菌培養。
