出現於感染後二年以上。 主要有如下幾種：
（1）晚期良性梅毒。 其基本損害為樹膠腫， 可能是對梅毒螺旋體抗原的一種炎症反應所致， 其發病機制仍不甚清楚。 顯微鏡下， 活動性損害為肉芽腫病變， 陳舊性損害為廣泛的纖維化。 在樹膠腫內一般找不到梅毒螺旋體。 此種炎症可侵犯任何器官， 但最常見的是侵犯皮膚和骨骸。 皮膚損害表現有真皮或皮下結節， 潰瘍性結節和樹膠腫。 結節常發生於面三期梅毒部、軀幹和四肢， 呈群集分佈不對稱， 無痛性， 進展緩慢， 逐漸發生潰瘍。 潰瘍一般由中央開始緩慢癒合，
（2）心血管梅毒。 可有主動脈炎、主動脈瓣閉鎖不全、主動脈瘤等。
（3）神經梅毒。 可有脊髓癆、麻痹性癡呆、視神經萎縮等。
三期梅毒的表現
三期梅毒損傷不僅僅局限於皮膚和粘膜， 也可侵犯任何內臟器官和組織， 其特點是樹膠樣腫， 三期梅毒的皮膚粘膜梅毒包括：
（１）結節型梅毒疹。 位於皮內或皮下的成群結節， 黃豆大或葡萄大， 初起不與周圍組織粘連， 以後逐漸固定， 面部及四肢多見， 不對稱分佈， 可均勻分佈也可呈環形等分佈。
（２）梅毒瘤（樹膠樣腫）。 初起為皮下硬結， 可活動， 逐漸與皮膚粘連、破潰、潰爛邊緣銳利成鑿狀， 有稠粘的樹膠樣分泌物， 可邊擴展邊癒合。 好發於頭皮、前額、小腿等處。 也可發生在上齶及鼻部， 常導致硬齶、鼻中隔穿孔、馬鞍鼻等， 使患者毀容。 舌粘膜受累時可發生不規則潰爛， 炎症吸收後形成疤痕攣縮， 舌頭變硬， 發言不清。
