神經官能症的診斷主要靠患者的病史陳述， 並配合有關的實驗室檢查後獲得。 但僅僅依靠病史尚不能輕率定奪， 神經官能症的診斷上應注意鑒別神經症和因其他疾病引起的神經症症狀群， 因此對神經症病人必須進行仔細的體格檢查。 同時要注意某些軀體症狀的早期， 其陽性體征也不是一二次就能查出來的。
神經官能症只少要符合兩個條件才能診斷：
（1）經過仔細檢查沒有發現相應的， 可以解釋其症狀的軀體疾病；
（2）精神因素在其發病及病情變化上有很大的影響。
另外， 有一些疾病的臨床表現也類似神經官能症，
（1）腦損傷綜合征：如腦炎、腦外傷、腦血管病、一氧化碳中毒等病變的恢復期可以有類似表現， 但常伴有智力損害、肢體癱瘓、神經麻痹， 腦CT或腦電圖異常可幫助鑒別。
（2）焦慮症：焦慮症多發生於中青年群體中， 誘發的因素主要與人的個性和環境有關。 雖然也有心慌、氣短、消化不良、噁心嘔吐、腹脹便秘、出汗、肢體震顫、遺精、陽痿、月經不調等症狀， 但與神經官能症不同的是病史比較短， 而且可以詢問出導致焦慮的原因。
（3）甲狀腺機能亢進：患有甲亢的患者有類似神經官能症的表現， 但通過臨床體檢化驗可以發現一些甲亢特有體征， 如眼球突出、雙手細震顫、甲狀腺輕度腫大、血中T3、T4增高等可資鑒別。
