1、全草入藥的收穫方法
播種繁殖的在播種後第2年， 分根繁殖的在當年7～8月開花前或開花初期割下全草， 留茬5～10釐米以利再生。 南方生育期長可再收1次。 全草曬乾， 切段即成。 一般種植4～5年後更新。
2、根芽入藥
種子繁殖的於第2年秋季， 分根繁殖的于當年秋季採挖地下根莖， 抖去泥沙， 掰下根芽， 平均每株可產15枚。 曬乾即可入藥或製成粉劑或片劑。 仙鶴草酚的含量因栽種方法不同而異；播種繁殖2年生含量約4.6%， 而分根繁殖1年生的含量高達7%。 採收期不同含量差異也很大， 如11月30日採收的比11月1日採收的含量高47%， 根芽產量也高10%左右。
3、種子採收
建立留種田或在收割地上部時選生長良好的田塊留下， 增施肥料， 加強管理， 促進果實種子的發育。 在8月中旬後， 種子由綠變褐略呈乾燥狀時割下， 曬乾， 打下種子貯存於通風乾燥處備用。
