患兒必須隔離， 食具的消毒可在開水中煮沸15分鐘， 玩具可給予易於消毒的木制或塑膠製品。 大便的處理， 可以大便1份， 漂白粉1/4份， 放在痰盂裡攪勻後加蓋2小時再倒掉， 床單被褥可在日光下曝曬6小時。
患兒應臥床休息。 腹痛時腹部可放熱水袋。 嬰幼兒大便有裡急後重時， 可讓大便解在尿布上， 不要求坐起在痰盂裡解便， 這樣可防止肛門直腸脫垂。 每次大便後用溫水洗淨臀部， 並用5%鞣酸軟膏塗于肛門周圍的皮膚上。 如有脫肛時， 可用紗布或軟的手紙塗上凡士林， 托住脫垂的肛門， 一面輕輕按摩， 一面往上推，
嘔吐頻繁時， 可短期禁食， 或給予靜脈補液。 然後給予糖鹽水、少油膩的流質， 如藕粉、豆漿等。 待病情好轉， 即應及早進食。 這時可以給予少渣、易消化的半流質， 如麥片粥、蒸蛋、煮麵條等， 牛奶易引起腹瀉脹氣， 應予限制， 待大便成形後可適當增加。 應多補充水分。 在恢復後期， 應設法引起患兒的食欲， 也可以食前半小時先服消化酶類藥物如胃蛋白酶等， 並在飲食中增加營養和蛋白質， 開始可少食多餐， 逐漸增加， 防消化不良。
慢性菌痢患兒需要灌腸時， 應對患兒做好解釋工作， 爭取患兒配合， 不致使藥液流出肛門， 同時在灌腸前先將大小便排空。
大便作細菌培養採取標本時， 應選膿血及粘液較多的地方， 留好標本後應立即送驗，
