1、病害：白芷生產中病害發生較少， 有時發生灰斑病和斑枯病。 這種病由真菌中的一種半知菌引起， 主要危害葉片。
病斑初期為暗綠色， 後擴大成為白色融合成多角形大斑， 後期在病葉上出現小黑點， 最後致葉片枯死， 一般5月初開始發病， 直至收穫， 危害時間較長， 是白芷的重要病害。 通常選擇白芷健壯無病葉植株。
防治方法：為減少病害的來源， 增施有機肥料， 改良土壤， 增強抗病能力。 生產上發生病害， 前者可用1∶1.5∶300的波爾多液或65%代森鋅500倍液。 從6月開始， 連續噴2—3次；後者可噴1∶1∶100的波爾多液1—2次， 以防感染， 擴大危害。
2、蟲害：白芷的蟲害主要是苗期和花期危害， 蚜蟲、食心蟲和黃鳳蝶， 常見葉片或花吃光， 影響植株發育和果實的成熟， 食心蟲咬食種子， 嚴重時可造成種子無收。
防治方法：可在幼蟲活動期進行人工捕殺。 前者用樂果2000倍液， 敵敵畏乳油1000—1500倍液噴霧毒殺；後者噴90%晶體敵百蟲1000倍液， 每隔5—7天噴一次， 連續2—3次。
